Lo infinitamente pequeño puede tener un rol infinitamente grande, señaló el químico y microbiólogo francés Luis Pasteur cuando propuso la teoría de la generación espontánea donde la fermentación y descomposición orgánica de la materia se debe exclusivamente a la presencia de microorganismos.

Hoy en día los microorganismos tienen un rol fundamental en la degradación de la materia orgánica proveniente de ecosistemas artificiales de naturaleza urbana, agrosistemas o ecosistemas naturales como bosques nativos o humedales.

Entre la ecología del suelo podemos mencionar a hongos y bacterias los más importantes, sin embargo hay una serie de otros grupos que participan de la liberación de nutrientes contenidos en la materia orgánica proveniente de residuos de cosechas agrícolas como la paja de trigo y caña de maíz, abundantes en carbono; o bien las fecas animales (y también humanas) y cuerpos de animales muertos ricos en nitrógeno.

Desde el punto de vista biogeoquímico son muchos los nutrientes liberados al medio por la fragmentación de la materia orgánica: calcio, magnesio, potasio, sodio, cobre y zinc entre muchos, cuyo rol fundamental es participar de la nutrición de las plantas. Por tanto aquellos ecosistemas degradados por deforestación, erosión hídrica, quema de rastrojos o incendios forestales, suelos contaminados con hidrocarburos o suelos que han perdido su fertilidad natural pueden ser restaurados mediante la incorporación de materia orgánica y asociado a la inoculación de microorganismos, capaces de liberar nutrientes al medio producto del proceso de mineralización de la materia orgánica.

Una vez que los microorganismos han actuado es posible el adecuado establecimiento de plantas mediante reforestaciones, plantaciones, enriquecimiento de bosques o siembra de cultivos agrícolas, dado que el suelo dispone de los nutrientes esenciales para su crecimiento. Lo mismo ocurre a nivel casero con la degradación de la materia orgánica que proviene de residuos de cáscaras y vegetales utilizados en la cocina. El compostaje es otra actividad que prioriza no solo la actividad de microorganismos sino también la presencia de diversas especies de insectos, larvas y lombrices cuya finalidad es fragmentar los trozos medianos de materia orgánica a fin de reducirlos en tamaño y volumen para que posteriormente puedan actuar hongos y bacterias que se encargarán de liberar los últimos componentes inorgánicos de los desechos para disponer de agua, carbono y nitrógeno en última instancia, siendo estos últimos elementos los más importantes para el crecimiento de éstos habitantes del suelo, cuando existen condiciones de humedad, pH y temperatura en el medio edáfico.