Diversos fueron los cuestionamientos tras conocerse el nombre del Gobernador de Ñuble designado por Michelle Bachelet. Por más de 5 meses Cristián Fernández, estuvo suspendido de sus funciones de alcalde de San Fabián luego de ser destituido por el Tribunal Electoral Regional. El ex edil apeló al Tribunal Calificador de elecciones y se revocó la medida.

La relación de Fernández con los concejales de San Fabían no fue de las mejores durante su primer periodo y mantuvo una abierta pugna.

Los ediles, a mitad de su periodo como alcalde, lo acusaron al Tribunal Electoral Regional, por una serie de cuestionamientos relacionados a observaciones en los gastos reservados por la unidad de control del municipio, contrato de servicios y personal sin previa consulta al concejo, entrega de bienes municipales en forma irregular, entre otras. Además se le acusó de faltar 16 veces al Concejo.

Fueron finalmente 23 acusaciones las que realizó el consejo pleno al TER , instancia que decidió, en base a los antecedentes, destituir a Cristián Fernández de su cargo de alcalde el año 2007 por notable abandono de deberes.

Ese mismo año, tras la apelación, el caso llegó al Tribunal Calificador de Elecciones, el que finalmente con fecha 17 de diembre de 2007 indicó que los antecedentes no fueron considerados excesivos como para entorpecer la función pública – lo que no quiere decir que no existieron las faltas – revocando la resolución del Tribunal Electoral Regional. Ese mismo día, después de 5 meses, Fernández estuvo facultado para retomar su trabajo.

Cristián Fernández, en su momento, fue el alcalde más joven de Chile, al asumir con sólo 29 años. Ganó su primera elección como independiente apoyado por la DC y su segundo periodo lo logró siendo cercano al PPD. El hoy gobernador actualmente es próximo al senador Alejandro Navarro, fundador del MAS.